Использую gnome-terminal для запуска консольных приложений. С тем, чтобы скопировать кусок текста из постороннего графического приложения в терминал проблем не встает. Однако, для обратной операции приходится тянуться за мышкой, что отнимает время.
Правка исходников - вариант, но если у кого-то есть менее затратные предложения или даже diff-ы для libvte - буду признателен :)