#mh и быстрый переезд ящиков

В Sylpheed это в ~/.sylpheed-2.0/folderlist.xml, в Claws должно быть аналогично. Путь указывается относительно $HOME, как и в профиле MH (~/.mh_profile, хотя Sylpheed и Claws на него клали).

Тоже есть ~/.claws-mail/folderlist.xml . Ничего похожего на #mh=$HOME там не нашёл.

$ cat "Path: $HOME/Mail" > ~/.mh_profile

?

Ой s/cat/echo .

Похоже, да, не работает...

<folder type="mh" path="Mail" sort="0" collapsed="0" name="mail">
                  ^^^^^^^^^^^

~/.mh_profile Claws не читает, это был пример.

Расчехляем sed?

Одной этой строки должно быть достаточно. Подпапки всегда вложены в основную папку, в данном случае достаточно переместить соответствующие каталоги в новое место.

Ну это наверное у тебя почтовые ящики = подпапки.