Настройка для работы с 2мя видеокартами

Вам с композитингом или без?
http://linux.org.ru/forum/linux-hardware/8293767?cid=8294580

хотя бы без

Тогда либо добавляйте ещё одну любую видеокарту (при этом следует учитывать, сколько и каких PCI-E-разъёмов у вас имеется в распоряжении) и воспользуйтесь Xinerama (композитинга не будет) либо покупайте видеокарту с поддержкой одновременного вывода на три монитора (композитинг будет). Intel-ом воспользоваться не получится, из-за ограничений BIOS материнской платы.

Если в биосе переключится на интегрированную карту, то видит только ее.

Как уже сказали выше, ничего не выйдет. Либо можете вставить PCI-карту (если не два pci-e в компе), либо купить видеокарту от ATI с поддержкой трёх моников одновременно.
Последний вариант предпочтительнее, т.к. без композитинга всё будет разваливаться и тормозить, а с ним - у Вас будет по икс-серверу на видяху с единой мышкой и клавой (окна между дисплеями разных видях не перетаскиваются).
Ещё есть вариант с некрофилией и Xgl, но тут Вам нужны достаточно старые карты (чтобы его драйвера их поддерживали) и одинаковой модели карточки. Говорят, что можно запускать с разными (но одной фирмы) - но это не очень хорошая идея в этом случае.

Интересно, а вариант с новомодным DMA-BUF/PRIME тут возможен? Т.е. взять вторую видеокарту и подключить к ней монитор, а изображение рендерить на первой?