Фон под текстом в Emacs'e почему-то отличается от дефолтного фона.

+1 тоже такое заметил. :)
Интересно это как-то настраивается, чтоб сделать ещё заметнее?
Хотя похоже на баг, да.

чтоб сделать ещё заметнее?

Тебе это нравиться? :)

да.
Иногда по этому фону замечаю где у меня ненужные пробелы стоят :)

Шрифты в тексте понравились. Какие используются?

используй whitespace для этого

Иногда по этому фону замечаю где у меня ненужные пробелы стоят :)

Не Ъ. Вот Ъ-метод:

;; Delete trailing whitespaces before saving
(add-hook 'before-save-hook (lambda ()
                               (delete-trailing-whitespace)))

Точнее, так:

;; Delete trailing whitespaces before saving
(add-hook 'before-save-hook 'delete-trailing-whitespace)

Он по дефолту такой был, я не менял. Вот что говорит describe-font.

name (opened by): -unknown-DejaVu Sans Mono-normal-normal-normal-*-13-*-*-*-m-0-iso10646-1
       full name: DejaVu Sans Mono:pixelsize=13:foundry=unknown:weight=normal:slant=normal:width=normal:spacing=100:scalable=true
            size: 13
          height: 15
 baseline-offset:  0
relative-compose:  0

Вот ведь, в упор не вижу различия. А гимп говорит, что цвет под буквами меньше цвета фона на единицу по всем осям. Похоже на баг.