Как вы оформляете презентации в markdown'е?
Пандок не умеет конвертировать тех с кириллицей в пфд.
$> pandoc -t beamer test.md -o test.pdf
pandoc: Error producing PDF from TeX source.
! Package inputenc Error: Unicode char \u8:Т not set up for use with LaTeX.
See the inputenc package documentation for explanation.
Type H <return> for immediate help.
...
l.32 \section{Тест}
Или всё-таки умеет?