perl -p -i.bak -e 's|"([^"]+)"|q["].(join q[@N], grep { length($_) > 0 } map {my $str=$_; map { substr $str, $_*46, 46 } (0..int length($str) / 46)} split q[@N],$1).q["]|eg' <file>

#!perl -p -i.bak
s|
 "([^"]+)" # строка внутри кавычек
|
 q["]. # кавычки
 (join q[@N], # соединяем обратно
  grep { length($_) > 0 } # фильтруем пустые куски на случай @N как раз на 46-м символе
  map {my $str=$_; map { substr $str, $_*46, 46 } (0..int length($str) / 46)} # затем делим на куски по 46 символов
  split q[@N],$1) # сначала бьём по уже существующим @N, если есть
.q["] # вторая кавычка
|egx;

1 lkdsfghj "sfg ggw  kuerjkhg lkjhsf lksdf lkhws lkjhweghksdf  khs ,fk kjhdfgjkh lgm"
2 .kdfs v "dkhjgf ksdfjhkh lkj skj slkjlklkskj lkj kjl lkjhfg"
3 "sfd,hjsdfjh ,mdsgjhsdfkjhsdf, ,jhsjhhfjkskjhf jkhsadfkjh  jhkjhksadfhkjsa" "mgbsdfgmsdf ,jhsdkjhdfkjh l;kjmwqs ,mhdfwk lkfrhklk dwefrkjs kdfkhl lk lkerlkh fg'; rf"

1 lkdsfghj "sfg ggw  kuerjkhg lkjhsf lksdf lkhws lkjhweghk@Nsdf  khs ,fk kjhdfgjkh lgm"
2 .kdfs v "dkhjgf ksdfjhkh lkj skj slkjlklkskj lkj kjl lk@Njhfg"
3 "sfd,hjsdfjh ,mdsgjhsdfkjhsdf, ,jhsjhhfjkskjhf @Njkhsadfkjh  jhkjhksadfhkjsa" "mgbsdfgmsdf ,jhsdkjhdfkjh l;kjmwqs ,mhdfwk lkf@Nrhklk dwefrkjs kdfkhl lk lkerlkh fg'; rf"

#!perl -p -i.bak
s|
 (?<=")([^"]+)(?=") # строка внутри кавычек
|
 join q[@N], # соединяем обратно
  map {
   my (@words) = split /(\s+)/; # делим строку на "слова", сохраняя разделители
   my @ans = ("");
   while (defined (my $word = shift @words)) { # перебираем по одному слову/разделителю
    if (length($ans[-1].$word) <= 46) {
     $ans[-1].=$word; # склеиваем 2 куска, если они меньше или равны 46 символам
    } elsif (length $word > 46) {
     push @ans, map { substr $word, $_*46, 46 } (0..int length($word) / 46); # разрезаем длинные слова
    } else {
     push @ans, $word; # если предыдущий кусок текста переполнен, добавляем новый
    }
   }
   @ans; # возвращаем массив кусков текста
  }
   split q[@N], $1; # сначала бьём по уже существующим @N, если есть
|egx;