как включить меню и панель в главном окне psi-plus?

Не пользовался, но вангую, что наличие панели меню как раз в конфигах и сидит, ты поищи.
Когда удаляешь пакет (я это через synaptic делаю) есть пункт Отметить для полного удаления. Косит конфиги железно.

Какая версия Psi?
Что у Вас в Options > Toolbars > Toolbar?

через трей не судьба?