добавить или удалить функций в правым клике (контекстное меню)

Правишь исходники caja, компилируешь и ставишь. Всё просто =]

Где-то в недрах /usr/share/(вроде бы)caja есть xml-файл меню.

спасибо помогло там в папке /usr/share/caja/ui caja-shell-ui.xml и удалил ненужные функции и все

А какие пункты для вас лишние? Может я тоже что поудаляю, хотя в глаза ничего не бросается.

когда нажимаешь второй клик (caja) на пустом месте там есть увеличить, уменьшить, в обычном размере (значков)

Есть такое. Мне например не мешает.

это уже кому как ;)