Если проблема не только в firefox, но и в чистых gtk-приложениях - править тему. Если проблема только в firefox - править usercss.

Посмотрел второй скриншот и понял, что проблема не только в полях ввода. Можно поэкспериментировать с набором цветов в Firefox: Preferences - Content - Colors - Background, и задать там другой «белый». Если это поможет, значит, дело в криворуких веб-дизайнерах проблемных сайтов.

Если проблема не только в firefox, но и в чистых gtk-приложениях

и в некоторых qt https://dl.dropboxusercontent.com/u/60483793/fffffff1.png

QT пытается на лету конвертировать GTK-тему в что-то удобоваримое для себя. Угадать не всегда получается, можно ему подсказать в qtconfig: Appearance - Build Palette, Tune Palette.

Подписался к теме.

Да, есть такое в ff и skype(когда нажимаешь Up Arrow, что-бы отредактировать сообщение). Я мучался, а потом в теме поменял дефолтный серый цвет на более цветастый. Ещё тот костыльный вариант, но ничего более умного в голову не пришло.