Это не про ту, что в коде, а про ту, что рядом: проектную, описывающую архитектуру, требования, тестовые планы, и пользовательскую
Что хотелось бы?
1) Удобный для редактирования язык разметки
2) merge, diff и прочие прелести контроля версий.
3) Синхронизация с кодом (правка кода и документации в одном комите)
4) Красивый html и сносный pdf
5) Возможность писать структурированные документы. Например: текст требования, процедура проверки, отметка о реализации.
doc/odf вообще не вариант.
latex дает красивый pdf, позволяет писать структурированные файлы, но html убогий.
docbook можно допинать до хорошего html'а и обучить через xslt кушать структурированные файлы, но редактировать совсем не удобно.
mediawiki/dokuwiki дает удобный язык разметки, красивый html, сносный pdf, но не синхронизируется с кодом. Со структурированными документами вроде бы плохо.
Есть еще варианты?