Строки в файле для одного и того же filename идут в одинаковом порядке?

отправить оба файла на вход awk и в нём загнать в ассоциативный массив по filename

В общем случае

BEGIN {
    FS = ","
    while ((getline < "file1.txt") > 0) {
        dict[$1] = $2
    }
}
{ print $1, $2, dict[$1] }

Запускать как awk -f script.awk file2.txt - сам не проверял, но по идее как-то так.

Если же строки в обоих файлах для всех записей идут в одинаковом порядке, то всё гораздо проще.

man join

man 1 join

сделал через join -1 1 -2 1 sorted1.txt sorted2.txt