$ cd new_folder; cmake

или сделай cmake.txt в project_folder, и в нем add_subdirectory (емнип) на new_folder

сделай правильно, будь мужиком:

-project_folder
--new_folder
---folder1
---folder2
---file1
---file2
---cmake.txt
--cmake.txt

project_folder/CMakeLists.txt:

project(...)

...

add_subdirectory("new_folder")

project_folder/new_folder/CMakeLists.txt:

# тут содержимое оригинального CMakeLists.txt
# ЗА ВЫЧЕТОМ project(...) и многого другого

с одним cmake.txt

clion как-то определяет, где должен лежать cmake.txt.

Коль на сайте clion говорят, что

Any CMake-based projects can be opened easily and with no additional configuration in CLion.

, то должно нормально съесть указанный мной и wakuwaku вариант.

Ему вообще скорее всего должно быть всё равно.

Скорми ему CMakeLists.txt с корневого каталога. Где и как раз add_subdirectory и лежат. Должен открыть как проект с подпроектами.

мне не нужны подпроектами. Создавать 2 CMakeList.txt не вижу особого смысла, т.к в этом случаи можно обойтись и одним (в корне проекта).

Я могу переместить CMakeList в new_folder, но тогда не смогу запускать компиляцию через удобную зелененькую кнопочку. Придется открывать консоль и вбивать по 2-3 команды.

И дело не только в кнопочке. От clion в этом случаи остается только редактор кода.

Вообще-то весьма логично, что CMakeLists.txt должен находиться в корне проекта. Как уже верно заметили, попробуй перенести его в нужное место и скормить тюленю (CLion).

Так и не делай подпроекты. Просто перенеси и скорми.

От clion в этом случаи остается только редактор кода.

Кхм, а что ещё надо?

Мне кажется, что это скорее ты неосиливаешь CLion.

Не знаю какой ужас на этот раз придумали JetBrains, но у меня что в KDevelop, что в QtCreator всё в порядке с этим.