Как построить приложение в котором главное активити будет определятся не манифестом а конфигом и другими факторами?

Хз, для этого флагменты придумали, либо в том активити сразу открывай другие активити.

Чертовски странного хотите, что мешает, действительно, из главного активити нужное вызывать?

Обёртка в виде активити, которое проверяет всё что нужно и стартует другое активити, либо фрагменты.

У меня покачто плохо получается мыслить андроидовскими категориями

Так курите матчасть. Активити - это не главный экран, это кусок кода, который запускается при старте приложения.

курим :-)