Как мне сделать в сценарии, чтобы выполнилась проверка, например сравнение с uname -m и x86_64, и в зависимости от этого выбирался файл для компиляции.
если можно то в нескольких вариантах. Например как в makefile можно сделать и в autoconf.ac и Makefile.am.