Вариант с выводом g++ -M в отдельный файл с зависимостями я знаю, он считается более прямым?

Да. И не только для GNU make и gcc. Чем он тебя не устроил? Это всего лишь один лишний include.

cmake - не?

Например

SOURCES = $(wildcard *.cpp)
OBJ = $(addprefix tmp/,$(SOURCES:.cpp=.o))
CXXFLAGS = -MD -MP \ # <<<<<<<<<<<<< here...
    -std=c++0x $(WARNINGS)

$(BIN): $(OBJ)
    $(CXX) $(LIBS) -o $@ $^

tmp/%.o: %.cpp
    @echo Compiling $<...
    @$(CXX) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@

$(shell mkdir -p tmp) 
-include $(OBJ:%.o=%.d)   # <<<<<<<<<<<<< ...and here

Зависимости действительно часто хранят отдельно. Бывает неудобства при их изменении (так как зависимости обычно отстают на один билд от исходников), но некоторые извращаются и исправляют это (тоже двумя вызовами компилятора, вроде, давно читал ту статью).

automake и autoconf разруливают это сами

да любая билдсистема делает это: meson, cmake, waf, ...

Я уже не помню, я этой фигней давно занимался - был там какой то свой косяк;-(

Сейчас пришлось рефакторить систему сборки - а там такое вот.

Эту шню я видел еще в руководстве по make. В моем вариант тоже приходиться че то аналогичное делать (вешать изначальные зависимости всех от всех что бы не прощелкать изменения).

Интересно, что у меня при этом таки возникают ложные срабатывания (пересобирается то, чего не должно) - раньше вроде не было...

ЗЫ тьфу, забыл объектник в .PRECIOUS сунуть;-(

Эта статья не актуальна уже.

Способ от E содержит один вызов компилятора на объектник, зависимости не отстают от исходников (вернее, в случае если отстают, затронутые объектники всё равно пересоберутся).

Про флаг -MP не знал и думал, что с переименованием/удалением зависимости без извратов не разобраться. Статья и другие моменты упоминает, но в этом плане, видимо, не актуальна.

Чому в CXXFLAGS, а не CPPFLAGS? Ведь это https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.1.2/gcc/Preprocessor-Options.html
Чому -MD, а не -MMD?
Чем плоха идея писать -include $(shell find . -type f -name '*.d'), с учётом того, что я не хочу заносить сырцы и объектники в переменную, а хочу указывать явно: prog1: obj1.o obj2.o (у меня N бинарников).

Чому в CXXFLAGS

Кроссплатформенные привычки.

Чому -MD, а не -MMD

Кроссплатформенные привычки. Для стабильных систем никакой разницы, в принципе, можно писать -MMD.

Чем плоха идея писать

Пиши как хочешь, эффект один и тот же. Вопрос личного удобства.

Пиши как хочешь, эффект один и тот же.

Ну я написал. Это нормально, что make начинает интересоваться всеми пустыми правилами для хэдеров? Дёргает для них gcc чтоб тот рассказал мне про «warning: #pragma once in main file»

Нет, это ненормально. Ты всё-таки что-то делаешь не так. Походу, у тебя хедеры попали в таргеты и GNU make пытается их собрать по каким-то implicit правилам. Поизучай содержимое своих *.d файлов и подробный вывод make -p.

Minimal NOT working example

$ tree
.
├── include
│   └── header.h
├── main.cpp
├── Makefile
└── subdir
    └── main.cpp

header.h: #pragma once
Makefile:

CPPFLAGS=-I./include -MMD -MP

all: main subdir/main

-include $(shell find . -type f -name '*.d')

#include <header.h>
int main() {}

$ make
g++  -I./include -MMD -MP   main.cpp   -o main
g++  -I./include -MMD -MP   subdir/main.cpp   -o subdir/main

$ make
g++  -I./include -MMD -MP   main.cpp include/header.h   -o main
include/header.h:1:9: warning: #pragma once in main file
 #pragma once
         ^~~~
g++  -I./include -MMD -MP   subdir/main.cpp include/header.h   -o subdir/main
include/header.h:1:9: warning: #pragma once in main file
 #pragma once
         ^~~~

Лечится добавлением зависимостей бинарников от объектных файлов:

CPPFLAGS=-I./include -MMD -MP

all: main subdir/main

main: main.o
subdir/main: subdir/main.o

-include $(shell find . -type f -name '*.d')

main.o: main.cpp include/header.h

include/header.h:

$ make
g++  -I./include -MMD -MP  -c -o main.o main.cpp
cc   main.o   -o main
g++  -I./include -MMD -MP  -c -o subdir/main.o subdir/main.cpp
cc   subdir/main.o   -o subdir/main