Не из под рута в общем случае никак. Т.к. в /proc/$pid/ без прав рута можно просмотреть открытые файлы/дескрипторы процесса только если он запущен под твоим юзером
Информация о портах берётся из /proc/net/tcp, а потом поиском сокета по inode number по всем процессам в /proc/$pid/fd. Тот же netstat должен увидеть этот порт, если запускать его от того же пользователя, что и процесс, который тебе нужен. Или с правами рута, чтобы прочитать процессы других пользователей. Возможно, будет достаточно только CAP_DAC_READ_SEARCH, но это всё равно нужны права рута.
parser@noname:~/data/parser/app$ tor --RunAsDaemon 1 --CookieAuthentication 0 --HashedControlPassword "" --ControlPort 7772 --PidFile wmparser.tor7772.pid --SocksPort 7771 --DataDirectory /home/parser/data/parser/app/run/
Nov 16 08:54:09.991 [notice] Tor 0.2.9.11 (git-aa8950022562be76) running on Linux with Libevent 2.0.21-stable, OpenSSL 1.0.2g and Zlib 1.2.8.
Nov 16 08:54:09.991 [notice] Tor can't help you if you use it wrong! Learn how to be safe at https://www.torproject.org/download/download#warning
Nov 16 08:54:09.991 [notice] Read configuration file "/etc/tor/torrc".
Nov 16 08:54:09.994 [warn] Linelist option '__HashedControlSessionPassword' has no value. Skipping.
Nov 16 08:54:09.995 [warn] Path for PidFile (wmparser.tor7772.pid) is relative and will resolve to /home/parser/data/parser/app/wmparser.tor7772.pid. Is this what you wanted?
Nov 16 08:54:09.995 [warn] ControlPort is open, but no authentication method has been configured. This means that any program on your computer can reconfigure your Tor. That's bad! You should upgrade your Tor controller as soon as possible.
Nov 16 08:54:09.997 [notice] Opening Socks listener on 127.0.0.1:7771
Nov 16 08:54:09.997 [notice] Opening Control listener on 127.0.0.1:7772
parser@noname:~/data/parser/app$ lsof -i :7771
parser@noname:~/data/parser/app$
Содержимое /proc/$pid/ обычно принадлежит юзеру, от которого этот процесс запущен, но в твоем случае все принадлежит руту, поэтому lsof и не показывает порт. Так что узнать PID по порту можно только от рута.
Эта тачка - VPS? Если да, то какой там тип виртуализации? Покажи еще вывод uname -a ради интереса.
Оно одинаково что в virtualbox, что на живом debian. В virtualbox ubuntu 16 с нетинсталом
parser@noname:~$ uname -a
Linux noname.example.com 4.4.0-98-generic #121-Ubuntu SMP Tue Oct 10 14:24:03 UTC 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
parser@noname:~$