В продолжение темы http://www.linux.org.ru/jump-message.jsp?msgid=1454754
Написал простейший вариант posix_memalign для совместимости с новыми glib(>=2.9.x) из gtk. Как уже обсудили, для маленьких аллокаций в posix_memalign всё автоматически выравнивается, с большими пришлось поковыряться. Теперь у меня всё работает нормально.