Как опакетить X11-приложение для Windows?

Сделай батник, запускающий X-сервер и приложение

не нужно этого делать

Есть где инструкция и/или простенький пример такого батника?

И можно ли потом засунуть всё это в EXE?

Неа. Эксклюзив!

http://dmitriy5181.github.io/2015-12-26-remote-x-clients-cygwin-x.html как нибудь так наверно

Если оставить только десятку - то достаточно портануть под убунту x86_64 и wsl.

Иначе - cygwin, там хоть пакетный менеджер адекватный. Плюс их x11 - по факту лучший, даже платные как то постремнее будут(сравнивал с платной версией XMing и VcXsrv).

wsl без иксов

Это да. Зато эльфов ест.

Хотя бы три преимущества перед https://pinta-project.com есть?