Какой вариант предпочтительней при микросервисной архитектуре?

Что-то не могу понять твои диаграмы в контексте описания. По описанию 3 таблицы должно быть, голова (человек), нога, и таблица связей.

а причем тут микросервисы?

По описанию 3 таблицы должно быть, голова (человек), нога, и таблица связей.

Думаю, и двумя можно обойтись, там же один-ко-многим, судя по описанию и схемам.

в микросервисной архитектуре у тебя есть как бы независимые приложения, которые общаются между собой через шину данных (redis, rabbitmq, kafka и т.п.), либо обращаются к друг другу через педирест опи

голова, левая нога, правая нога - отдельные endpoint'ы. Внутри каждой ноги - одна таблица

Т.е. если микросервисы, то БД не одна? Иначе где же независимость приложений (это я пытаюсь понять смысл понятия «микросервисная архитектура»).

База данных чего? Что там за информация будет храниться? И зачем она рукам и ногам?

это как сам решишь, но так-то у каждого сервиса должна быть своя база

Т.е. ты хочешь сказать, что слово «микросервисная» тут является частью вопроса, и надо понимать его так: сколько должно быть баз и какая у них должна быть структура, чтобы слово «микросервисная» можно было к пристегнуть к данному решению?

ну ежели аналогии с человеком продолжать, то у него есть шина в виде позвоночного столба по которому проходят сигналы от мозга до остальных частей тела