mkdir some
cd some
git init
cp -prf ~/some2 .
ls -a some2
. .. .git zzz zzz1
git add .;git commit -m "Init"
и в итоге получаем, что в локальной репе нет some2 и всего его содержимого. Т.е если git видит в subdir .git, то он игнорит этот subdir. Как этого избежать?