Сделал модуль реализующий поддержку __pypackages__
Сейчас надо либо пересобирать патченный питон или использовать pythonloc(это отдельная команда).
мой модуль просто патчит site.py, меняет pythonpath и поведение pip
pip install pep582
cd /tmp
pip install pytest
find __pypackages__/
python -c 'import pytest;print(pytest.__file__)'
enjoy
