git переместить каталог

Ты хочешь какую-то дичь. Нужно чтобы .git был вне app? Тогда почему не сделать /var/www/repo/app и .git в /var/www/repo?

Лишние каталоги можно запретить в .gitignore:

*/
!/var/www

В качестве repo будет /var/www/.
Задача перенести .git в /var/www/, сейчас он в /var/.

git mv www app
mv /var/www /var/app
mkdir /var/www
mv /var/app /var/www/app

Переместить всё из /var/www/ в /var/, т.е. на уровень выше, рядом с .git. «Закоммитить» эти изменения.

Затем в директорию /var/www/ переместить из /var/ всё, кроме самой директории www

В итоге, репозиторий будет в директории /var/www/ с сохранённой историей

создай bare-репозиторий в /var/www/.git. Для работы с ним указывай параметры

git --git-dir=/var/www/.git --work-tree=/var/www/app ...

(можно тупо создать алиас) (может я неправильно понял, но это для случая, когда корень репы должен находиться в /var/www/app)

Спасибо, перенес данные.