./configure может подхватывать нежеланные зависимости автоматически, и затем если пакет установить на чистую систему, бинарник не запустится, ругаясь на отсутствие какой-нибудь библиотеки (ldd), а надо чтобы бинарный пакет был собран только с нужными зависимостями, и не более.
Разворачивать chroot для каждого пакета и начинать сборку «от и до» с нуля? Как?