cmake -D опцию перенести в CmakeLists.txt

В документации и везде написано, что нельзя, но на самом деле можно.

Достаточно вписать set(CMAKE_TOOLCHAIN_FILE ...) перед вызовом project().

Спасибо, работает, и в доке есть, только в неожиданном месте

https://github.com/microsoft/vcpkg#vcpkg-with-clion

Надеюсь этот CMakeLists.txt за пределы твоей машины никогда не вылезет. А чтобы не вспоминать и не набирать, делают alias.

А смысл в таком тулчейн файле?

Hint: vcpkg можно и без этого недотулчейна использовать. Просто префикс указать и все.

Embedded.

Я вот пишу проектик на сях для AVR, допустим, и я абсолютно уверен, что никто никогда не будет (и не сможет) компилировать этот проект для какой-то другой платформы.

Можно, но на месте коллег я бы тебя после этого морально уничтожил бы на месте.

Кстати, не помню работает ли это с этой переменной, точно работает с CMAKE_PREFIX_PATH:

Попробуй задать её как переменную окружения. В любом случае можно проверять в CMakeLists.txt если тулчейн не задан и есть переменная окружения - то устанавливать. Так ты и не навредишь остальным и свой функционал получишь.