Хорошая стратегия в сериализаторах делать queryset'ы или нет?

И то и то странно звучит. Пример кода покажи?

Так это два единственных варианты где можно делать выборку

Есть ещё и такой вариант. Но вообще в Django это не про правильную архитектуру, а про «тяп-ляп - и в продакшн» - так что я бы на твоём месте сильно не заморачивался.