Извините, но я прочитал https://docs.python.org/3/library/logging.html и нихрена не понял.
Во всех нормальных обертках для записи логов можно переопределить уровень логирования для конкретного модуля, сделав уровень выше дефолтного. А в питоне вы можете сделать его только ниже, а не выше.
Что они курили и что курить теперь мне?
UPD:
В качестве решения сделал модуль для манки-патчинга дефолтного логгера. См. в комментариях.