Как работать с 64 разрядными целыми?

Арифметика та же что и обычно.
В форматной строке модификатор ll.
man 3 printf
/long long

не все libc поддерживают long long(например cygwin's newlib одно время не держал) в случае C++ легко выкрутиться дописав свои операторы >> и <<, то-есть gcc-то поддерживает, а libc, то-есть ввод-вывод свой придется дописывать, glibc вроде держит long long