При чтении документации glibc обнаружил, что system(3) заявлена как потокобезопасная. Что противоречит интуитивно ожидаемому: функция манипулирует обработчиками сигналов, следовательно должна быть MT-Unsafe. Это побудило подробнее изучить вопрос и сравнить реализации в разных ОС.
Возможно пригодится кому: