Запись / чтение файлов...

а чем ты лочишь ? flock()|lockf() ?

какие процессы? родственные ? как они файло открыли ?

Лочу из Perl:
open(FH, ">>$file");
flock(FH, LOCK_EX);
...
print FH ...;
...
close(FH);

Читаю:
open(FH, "<$file");
...
close(FH);

Процессы пускаются веб-сервером.

Ядро не возьмет блокировок во время чтения, поэтому чтение с записью может происходить одновременно и легко можно прочитать мусор. Используйте rw-блокировки, если у вас много читающих и мало пишущих.

должно блокироваться, хотя как сделаны обвязки в perl не знаю.