Как заставить AUTOMAKE B AUTOCONF Выставлять переменнык C*FLAGS так как я хочу а не тет которые у него по умолчанию.

coder@alt0 ~/hlint-new $ head -1 src/Makefile.am
AM_CXXFLAGS = -W -Wall -Werror

Ну или можно в configure.in эти (без AM_) переменные выставлять.

в Makefile.am задаюься нужные флаги:
AM_CFLAGS = -I$(top_srcdir)/include
if DEBUG
AM_CFLAGS += -g
endif

...

Спасиб