Здравствуйте!
Не знаю, мож боян, но я решил эту проблему следующим образом (поиск ничего не дал, потому пощу результаты): в исходниках doxygen-x.x/src/translator_ru.h перевёл из koi8-r в UTF-8 и в одном месте были добавления окончаний к словам, где однобуквенные - в одинарных кавычках. Вот эти одинарные ковычки заменил на двойные - и можно пользоваться (всем, кроме USE_WINDOWS_ENCODING).