Замена стандартной панели

Ключевое слово WM_STRUT. Если речь о кде, то там для этого в kdelibs есть поддержка.

Вот этот код отрезает 'size' места внизу экрана.

void set_strut(GdkWindow *win,gulong size)                                                                           
{                                                                                                                    
    Display *display;                                                                                                
    Window window;                                                                                                   
    gulong struts[4]={0,0,0,0};                                                                                      
    Atom at;                                                                                                         
                                                                                                                     
    display=GDK_WINDOW_XDISPLAY(win);                                                                                
    window=GDK_WINDOW_XWINDOW(win);                                                                                  
                                                                                                                     
    at=XInternAtom(display,"_NET_WM_STRUT", False);                                                                  
                                                                                                                     
    struts[3]=size;                                                                                                  
                                                                                                                     
    gdk_error_trap_push();                                                                                           
    XChangeProperty(display,window,at,XA_CARDINAL,32,PropModeReplace,                                                
                    (guchar*)&struts,4);                                                                             
    gdk_error_trap_pop();                                                                                            
}