Чем разобрать конфиг файл

Поищи тут, периодически этот вопрос поднимается. Предлагались и библиотеки что-то вроде configAPI, и использование регулярных выражений, и связка lexx&yacc.

Если в Иксах, то не надо ничего изобретать, а просто пользовать Xrm, например: http://tronche.com/gui/x/xlib/resource-manager/creating-and-storing-databases...