Чем отлаживать JNI?

Вообще, по-хорошему, если так много кода, что погут появлятся утечки памяти, то лучше этот код написать и отладить без JNI. Когда все станет чистенько подключить к JNI. Да и вообще с точки зрения проектирования такой подход грамотнее, IMHO.

А по теме, можно вот тут почитать:

http://www.ibm.com/developerworks/java/library/j-jnidebug/index.html

http://osdir.com/ml/debugging.valgrind/2004-06/msg00162.html

В Google можно найти ответы.

пасиб, про gdb через jdb помогло

Пожалуйста. В случае чего обращайтесь. Сам совсем недавно в проекте использовал JNI.