Как аккуратно наложить патч от старой версии, если есть несхождения?

Пластилин

google: 3 way merge

ну можно сделать так,
скачиваешь с помощью git текущую версию,
делаешь
git checkout -b my-branch

накладываешь патч,
устанавливаешь rej и meld
делаешь
rej -m meld file.c file.c.rej,
потом
git commit -a
git diff master > my-new-patch

>Как аккуратно наложить патч от старой версии, если если несхождения?

git checkout unstable

git am -3 stable_patchfile.patch

fix conflicts

git am -3 --resolved

git format-patch HEAD^..HEAD

Получишь патч для нестабильной версии