automake - убрать скрипт из списка файлов подлежащих инсталляции

Просто убери его из tests/Makefile.am

Если я его уберу, то он не войдет в дистрибутив, получаемый
при выполнении make dist.
Мне нужно, чтобы он вошел в дистрибутив, чтобы можно было
сделать
make check
но не инсталлировался по make install.

http://www.gnu.org/software/automake/manual/html_node/Install.html

читай на предмет hook.

Про хуки:

Automake also supports two install hooks, install-exec-hook and
install-data-hook. 
These hooks are run after all other install rules of the appropriate 
type, exec or data, have completed. 
So, for instance, it is possible to perform post-installation
modifications using an install hook. 

Правильно ли я понимаю, что ты предлагаеть удалять _ошибочно_ проинсталлированный скрипт из хука?
Если да, то это совсем криво.

На самом деле не понимаю почему не работает.
Вроде все делаю по доке:

9.1 Executable Scripts

It is possible to define and install programs that are scripts. Such 
programs are listed using the SCRIPTS primary name. When the script is
 distributed in its final, installable form, the Makefile usually 
looks as follows:

     # Install my_script in $(bindir) and distribute it.
     dist_bin_SCRIPTS = my_script

Script are not distributed by default; as we have just seen, those 
that should be distributed can be specified using a dist_ prefix as 
with other primaries.

Scripts can be installed in bindir, sbindir, libexecdir, or 
pkgdatadir.

Scripts that need not being installed can be listed in noinst_SCRIPTS,
 and among them, those which are needed only by ‘make check’ should go
 in check_SCRIPTS.