запуск приложения со своими системными библиотеками

Это Ынтерпрайз-way.
Оно тебе надо?

ld.so запускаете с параметрами программы и путями к библиотекам

установленный в системе ld.so и libc будут игнорироваться

LD_LIBRARY_PATH= список путей

также имеет приоритет над системным /etc/ld.so.conf

как вариант chroot

не, не интипраис спасиб

> Удастся ли запустить приложение на др машине, если скомпилировнное и собранное приложение перенести вместе с папкой в которую поместить все необходимые библиотеки (кроме наверное загрузчика) со своей машины, задавая при сборке опцию rpath на этут папку с либами?

Если архитектура, под которую скомпилены либы поддерживается ядром. Думаю, глупо будет пытаться подгрузить либы, скомпиленные под i386 на sparc64 :)

Ну а про LD_LIBRARY_PATH тебе уже сказали.