Возникло желание применять Qt Creator как IDE не только для Qt проектов. Т.к. исключить QMake из шагов сборки нельзя. Пришлось идти в обход, сделав заглушку make-qt командой echo:
cp /user/bin/make-qt /user/bin/make-qt_bak
cp /sbin/echo /user/bin/make-qt
Файлы Makefile.Debug и Makefile.Release в директории проекта заменил на свой makefile. Вот так получилось прикрутить к Qt Creatore мейк-файл проект. Смущает только "эллегантность" решения. Ведь Qt проекты я тоже использую, и перспектива менять /usr/bin/make-qt на echo или другую заглушку, не радует. В QtCreator для шага QMakе можно задать свои флаги и вместо echo можно написать sh скриптки который будет искать в командной строке например флаг NO_QT_BUILD. Если флаг есть - ничего не делать, если нет - вызывать make-qt_bak.
Может у кого есть более изящные решения?