как правильно считать таймаут?

а какой примерно интервал ожидается и с какой точностью надо измерять?

в несколько секунд

А причем тут таймаут?
gettimeofday, time, clock, etc...

clock это вообще из другой оперы...

NAME
       `clock'--cumulative processor time

SYNOPSIS
            #include <time.h>
            clock_t clock(void);

то-есть 
clock_t c1,c2;
c1=clock(); 
sleep(5);
c2=clock();

и c1 ~ c2, вместо разницы в 5 секунд.

пользовать надо gettimeofday или time.

anonymous: о, точно. никогда ей не пользовался, видиомо не зря. для статистики она совсем походу бесполезная. :)