Можно ли в Линуксе сделать так чтобы процессы и прерывания не прерывали выполнение программы . т.е. чтобы она выполнялась почти в реальном времяни

Можно попробовать повысить приоритет программы до предельного значения:

renice -20 pid

Или посмотреть в сторону RTLinux и его реалтаймовых патчей

Процесса загубить можно с помощью модуля ядря и CLI

Для этого есть функция nice & renice, а кроме того, можешь сделать критическую секцию на всю прогу