Если программу собираешься распространять _только_ в исходниках, то не надо изобретать велосипедов. Поскольку у тебя в проекте нет ничего экзотического, то qmake достаточно, иначе лучше пользовать cmake. autotools в связке с qt - очень неэффективно.
Как уже упомянули выше, то для бинарных релизов лучше использовать пакеты под дистрибутив.
*.pro - да, хорошая штука
>Кто умеет запустить configure тот сумеет запустить и qmake
плюс, никто не отменял:
echo "To install this package make the following:
1) qmake -project
2) qmake
3) make
4) make install" >INSTALL
правда последний пункт придется обеспечивать дополнительными плясками с проектом.
> А если это не хардкодить, то как? И какова тут общепринятая практика?
А почему бы не захардкодить? Это POSIX, это стандарт. Маинтайнеры для дистрибу всегда могут исправить пути. Общепринятая практика и есть - захардкодить. И в autotools то же самое. Все эти пути можно всегда исправить параметрами командной строки, опять же как в autotools.