Обход директории

С максимальным количеством систем будет работать shell,
что-то вроде такого:

funtion recursive
{
for a in $1/*; do
    if [ -d $a ]; then
      recursive $a
    fi
done
}

Я забыл сказать надо на C.

opendir, readdir, closedir вызываешь рекурсивно и проверяешь на каждом шаге директория это или файл вызывая, например, stat, ....
Думаю мысль ясна.

Дадада, opendir и прочие *dir!

В добавление ко всему вышесказанному можно еще посмотреть glob.