sh script

paste 1 2 | tr '\t' '\n'

а если строки имеют вид:
1 1:0.000000 2:0.000104 3:0.000000 4:0.000000 5:0.888889 6:0.125000 7:0.888889 8:1.819282 10:7.082192 11:29.000000 12:0.000035 13:0.149761 14:0.131752 15:1.000000 16:0.020689 17:0.379778 18:0.309237 19:0.445604 20:0.021103 21:0.021103 22:0.197415 23:0.000271 24:0.075592 25:0.659925 26:0.147442 27:0.014388 28:0.000000 29:0.004065 30:0.332297 31:0.004555
так что бы после первого пробела не переводила на следующею строку, а только после последнего значения.

paste -d'\n' 1.txt 2.txt