Возможно потому что включен режим dma в конфиге - при этом как понимаешь сначала должен заполниться буфер а потом запускается pdc. В любом случае попробуй пересобрать с отключенным dma если он включен CONFIG_SERIAL_ATMEL_PDC.
Аппаратный fifo если так можно его назвать там помоему всего 1 байт :) тоесть перед отправкой передаваемый байт попадает в этот буфер и ждет когда освободится сдвиговый регистр.