Решил запостить сюда - мало ли кто тоже наткнется на проблему...
Обновил на днях KDE и получил падающий эклипс. Поэкспериментировав выяснил что падает он при пользовании project explorer. Нашел эту проблему в багтрекере. Если коротко: почему падает - не ясно. Предположительно ошибка или в swt или в gtk. На KDE 4.5 оно проявляется из-за установки переменной окружения MALLOC_CHECK_ в 3. Т.е. в принципе можно выставить ее в 0 и тогда падать не будет. Однако, сама проблема все равно останется.
В предыдущем Eclipse (3.5) такой проблемы нет.