Как слить две директории одной командой?

а чем это плохо? всего две комманды...

mv A B
;)

mv A B просто перенесет A в B, т.е появится B/A ;-) Нужно же перенести тольео контент.

Из 'man mount':

 Since  Linux  2.4.0  it is possible to remount part of the
       file hierarchy somewhere else. The call is
              mount --bind olddir newdir
       After this call the same contents  is  accessible  in  two
       places.

Вроде есть такой системный вызов.

Может поможет.