Нужно написать кроссплатформенную программу, которая будет перехватывать все команды, вводимые в консоли и запрашивать у другого компа разрешение на их исполнение. Если разрешение получено, то команда срабатывает. Если нет - запретить. Изначально я собирался писать на питоне (чтобы кросплатформенно и несложно), но не могу найти информации по такому перехвату команд.
Если для этого подходит другой язык, буду не против. Главное - чтобы работало под вендой и линуксом.