В проекте используется свой язык (оправдано). Соответственно, для этого языка в составе того-же проекта есть компилятор, в виде исходников.
Как cmake (@#$%!) объяснить, что сначала нужно собрать компилятор, а потом им компилировать другие сорцы.
Пока тупо внес путь к получаемому компилятору в зависимости custom-command.
Работает костыльно - cmake генерит часть make-файлов, но обламывается на поиске компилятора, считая его исходным текстом. Но запущенный make уже все разруливает, так как построение компилятора уже определено.