man git-clone говорит, что при --bare remote-ветки вообще не создаются, что логично. Ты точно уверен, что у тебя две разные ветки 'master' и '[remotes/]origin/master'?

Ну да

$ git branch -a
* master
  remotes/mainline/master

попробуйте

git pull --rebase
или
git fetch && git rebase remotes/mainline/master

опс, это bare... Извините :)

$ git clone --bare git://git.kernel.org/pub/scm/linux/kernel/git/torvalds/linux-2.6.git
Initialized empty Git repository in /home/jackyf/download/build/temp-kernel/linux-2.6.git/
remote: Counting objects: 1987822, done.
remote: Compressing objects: 100% (312151/312151), done.
remote: Total 1987822 (delta 1657902), reused 1987216 (delta 1657479)
Receiving objects: 100% (1987822/1987822), 390.27 MiB | 1.15 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (1657902/1657902), done.
$ cd linux-2.6.git/
$ ls
branches config description HEAD hooks info objects packed-refs refs
$ git branch -a
* master


Ты уверен, что твой репозиторий — bare?

git reset remotes/mainline/master

Ну только в таком случае в master что-то своё пушить будет бесполезно.
Если надо добавлять свои изменения в бранч, то изволь делать merge, а это значит нужна working-copy.

Вроде бы «mv FETCH_HEAD HEAD» помогло. Не знаю насколько это правильно, и не вызовет ли ошибок. Может быть я вообще использую bare-репозиторий не по назначению.

миррор спасет отца русской демократии

git clone --mirror .....

bare не обновлят ref, их надо сбрасывать...

Спасибо, похоже то что надо. Осталось только сконвертировать уже существующий репозиторий как если бы он был сделан с --mirror.