Если под linux сгенерить Makefile с помощью cmake с опцией -G «Eclipse CDT4 - Unix Makefiles» и импортировать проект эклипсом, то всё кайфово - эклипс видит все имена C++, видя все заголовочники и парся их.
Под виндой (уже -G «Eclipse CDT4 - NMake Makefiles») Eclipse уже не видит всех «стандартных» заголовочников, таких как iostream, fstream...